1999년 포교원은 신년사업계획을 발표하였는데 그 가운데 여성불교조직화 사업이 들어 있었다. 포교원에서는 우선 교계 여성 활동가들과 몇 차례 간담회를 통해 여성불교의 문제점이 무엇이고 어떻게 문제를 극복할 수 있는지에 대한 논의를 하였다. 이 자리에서 여성활동가들은 기복불교의 극복과 여성불자의 위상과 역할 강화를 위한 여성불자의 교육이 시급하다는 결론에 도달하였다.

그리하여 교계 여성대표들을 초청하여 간담회를 개최하고 여성불자의 교육과 실천을 담보할 수 있는 불교여성개발원의 창립을 추진하게 되었다.

그리하여 불교여성개발원의 위상을 조계종 포교원 산하 연구 교육기관으로 잡고, 거기에 맞는 전문가를 위촉하여 11월 27일 창립하였다. 창립을 하기까지 2년이라는 짧지 않은 시간이 걸렸다. 그만큼 이 일이 쉽지 않은 일이었던 것 같다. 왜냐하면 현재 여성불자들의 활동은 대부분 자기 사찰이나 단체 또는 지역에 한정되어 있어서, 이런 틀을 떠나 대의적으로 여성불자들이 함께 모여 무엇을 해야 하고 무엇을 할 수 있을지에 대해 근거가 될 수 있는 사전경험이 거의 전무했기 때문이다.

또한 여성불자의 위상과 역할에 대한 관점이나 여성불자의 역량을 어떻게 모아서 극대화할 것인가에 대한 방법에 대해서도 다양한 견해를 가지고 있다. 이런 것들을 조정하고 공유점을 찾기까지 많은 시간이 걸렸다.