일본은 나라 전체를 불교 백화점이라고 불러도 좋을 만큼 불교의 각 종파가 나름대로 탄탄한 기반과 논지를 지니고 존속하고 있다.

석가모니는 불종(佛宗)을 말한 바 없다. 모든 불도가 석씨 한 문중이라고 설파했을 뿐이다.

그러나 불교는 인도 중국을 거쳐 발전하면서 여러 종파로 갈래가 나뉘어졌다. 일본에서의 종파 분류는 오늘날 현대 불교에서의 제 종파의 집대성을 보이고 있다고 말해진다.

신도 수를 중심으로 일본 불교 7대 종파를 꼽아 보면 정토진종, 정토종, 일련종(창가학회 포함), 진언종, 임제종, 조동종, 천태종 순이다. 이외에도 화엄, 살상, 가지 등의 종파로 꾸준한 영향력을 행사하고 있다. 사찰 수를 기준으로 하면 조동종이 정토진종에 이어 두 번째 위치를 점하고 있다.

7대 종파 가운데 임제종, 조동종은 선종의 성격이 강한 종파이며 진언종이 밀교 계통, 그리고 정토종, 정토진종은 아미타 사상을 중시하는 선교밀의 복합된 형태를 띠고 있으며 일련종은 법화 사상을 중심으로 진언주력을 중시하는 독특한 교리를 지닌 종파다. 또 일본 천태종은 교학적 기반에 밀교적 요소가 강한 종파로 꼽히고 있으며 화엄종은 교학적 요소가 가장 강한 종파로 알려져 있다.

일본의 제 종파는 역사적 배경을 중심으로 율(律), 선(禪), 밀교(密敎), 화엄(華嚴), 법화(法華), 정토(淨土)등 6개의 계통으로 분류되고 있다.

계율은 불교체계의 기본이다. 이상을 실현하려는 인간으로서 어떤 생활 태도를 취하고 어떤 기준을 지켜야 하는가, 그것을 가르치는 것이 율인 것이다. 율은 정토진종을 제외하고 모든 종파가 이를 중시하고 있으나 일본 불교는 이에 대해 상당히 대범한 태도를 취하고 있어 에도 시대에 이미 대처육식의 보편화되는 등, 일반 승려들의 계율에 대한 태도가 상당히 이완 되어 있다고 말해진다. 도덕적 실천이 수반되지 않는 곳에 불교는 없다는 취지 아래 소극적인 지계보다는 적극적인 실천을 중시하는 경향이라고 하겠다. 진언종, 화엄종, 천태종 등의 율에 있어 상대적으로 엄격한 가풍을 지니고 있다고 말해진다.

선(禪)은 율과 함께 불교 수행 실천의 기본으로 꼽히고 있다. 꼭 선종이 아니더라도 계라는 도덕적 기준을 토대로 선이라는 종교적 체험과 교학의 수련에 의해서 혜(慧)라는 절대적 진리에 도달한다는 것이 대부분의 불교 종파에 공통되는 기본이다. 이 가운데 유독 선을 중시하는 선종은 달마대사에 의해 중국에서 번성하였으며 한국, 일본에 많은 영향을 미쳤다.

일본의 대표적 선종인 조동종과 임제종은 모두 중국 남종선 계통으로 임제종이 화두, 공안을 내세우는 간화선을 중시하고 있다면 조동종은 오직 좌선에 의해 마음을 가라앉히고 내면의 자유를 얻는 묵조선을 중시하고 있다.